Sonic Prime, Dr. Eggman ile girilen şiddetli bir çatışma sırasında “Paradox Prism” (Paradoksun Prizması) adlı kadim bir nesnenin parçalanmasıyla tüm evrenin paramparça olmasını konu alır. Bu olay sonucunda Sonic, kendisini “Shatterverse” adı verilen paralel evrenler arasında bir yolculukta bulur. Sonic, hem evreni eski haline getirmek hem de farklı gerçekliklerdeki dostlarının (Tail, Knuckles, Amy) yabancılaşmış versiyonlarıyla yeniden bağ kurarak parçalanan dünyayı birleştirmeye çalışır.
